เสือลายเมฆ เป็นหนึ่งในเสือสามชนิดที่พบในประเทศไทย และเป็นหนึ่งในจำนวนเสือ 7 ชนิดทั่วโลกตามการจำแนกเดิม มีเขตกระจายพันธุ์ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ครอบคลุมไปถึงเกาะสุมาตราและเกาะบอร์เนียว 
"จากการศึกษาพันธุกรรมของของเสือลายเมฆแสดงเด่นชัดว่าเสือลายเมฆที่อยู่ในเกาะบอร์เนียวกับสุมาตราเป็นเสือต่างชนิดกับเสือลายเมฆบนแผ่นดินใหญ่" ดร.สตีเฟน โอไบรอัน จากสถาบันมะเร็งแห่งชาติสหรัฐอเมริกาใกล้กรุงวอชิงตันดีซีกล่าว "การทดสอบดีเอ็นเอแสดงจุดที่แตกต่างกันในระดับนิวคลีโอไทด์ราว 40 จุดระหว่างเสือลายเมฆจากสองพื้นที่" ความแตกต่างระดับนี้ใกล้เคียงกับความแตกต่างที่จำแนกเสือออกเป็นชนิดต่าง ๆ เช่น สิงโต เสือดาว เสือโคร่ง 



ความแตกต่างยังสังเกตได้จากลักษณะภายนอกอีกด้วย เสือลายเมฆในบอร์เนียวและสุมาตรามีลายแต้มที่ดูเหมือนก้อนเมฆอันเป็นที่มาของชื่อเล็กกว่า และมีจุดอยู่ภายในแต้มมองเห็นเด่นชัด สีขนค่อนไปทางเทาเข้ม และมีเส้นแนวสันหลังสองเส้น
ส่วนเสือลายเมฆบนแผ่นดินใหญ่มีแต้มใหญ่กว่า จุดที่อยู่ในแต้มเล็กกว่าและมักจางกว่า สีสันของขนก็สว่างกว่าและค่อนไปทางน้ำตาลมากกว่าด้วย
"ทันทีที่เราเปรียบเทียบหนังเสือลายเมฆจากแผ่นดินใหญ่กับในบอร์เนียว เราก็เริ่มสงสัยทันทีว่าเรากำลังดูหนังสองชนิดอยู่" ดร. แอนดรูว์ คิตเชเนอร์ จากพิพิธภัณฑ์แห่งชาติสก็อตแลนด์กล่าว "แทบไม่น่าเชื่อว่าไม่เคยมีใครสังเกตเห็นความแตกต่างกันนี้มาก่อน"
นักวิทยาศาสตร์เชื่อว่าเสือลายเมฆทั้งสองชนิดนี้มีบรรพบุรุษร่วมกันเมื่อเมื่อราวหนึ่งล้านสี่แสนปีก่อน ต่อมาได้มีวิวัฒนาการแยกออกจากกันจนกลายเป็นเสือต่างชนิดกันดังปัจจุบัน
เสือลายเมฆมีชื่อวิทยาศาสตร์ว่า Neofelis nebulosa ส่วนเสือลายเมฆบอร์เนียวได้ชื่อวิทยาศาสตร์ใหม่เป็น Neofelis diardi
เกาะบอร์เนียวไม่มีทั้งเสือโคร่งและเสือดาว เสือลายเมฆจึงเป็นสัตว์ผู้ล่าที่ขนาดใหญ่ที่สุดบนเกาะ อาศัยอยู่ตามป่าทึบ จับลิง กระจง เก้ง ลูกหมูป่าและลูกกวางป่าเป็นอาหาร บางครั้งก็กินนกและสัตว์เลื้อยคลานจำพวกตะกวดด้วย 
กองทุนสัตว์ป่าโลกหรือดับเบิลยูดับเบิลยูเอฟซึ่งดำเนินโครงการอนุรักษ์ในบอร์เนียวประเมินว่าปัจจุบันเหลือเสือลายเมฆอยู่ในเกาะประมาณ 5,000 ถึง 11,000 ตัว ส่วนในสุมาตราคาดว่าเหลืออยู่ประมาณ 3,000 ถึง 7,000 ตัว
เกาะบอร์เนียวเป็นพื้นที่ของประเทศสามประเทศ ได้แก่ อินโดนีเซีย มาเลเซีย และบรูไน เมื่อต้นปีที่ผ่านมา ทั้งสามประเทศได้ลงนามให้ร่วมมือกันในโครงการ "หัวใจแห่งบอร์เนียว" ซึ่งเป็นโครงการคุ้มครองพื้นที่ป่าขนาด 200,000 ตารางกิโลเมตรกลางเกาะ ซึ่งถือว่าเป็นพื้นที่ที่มีความหลากหลายทางชีวภาพสูงมาก